Люди платят через терминалы деньги за услугу (тепло к примеру), банк дает выписки о поступлении средств уже за минусом комиссии. То есть человек оплатил 2000 и за квартплату нужно принять 2000, а вот приход денег 1900. Получается приход 2000 из них расход 100р. Как правильно все это провести в бухгалтерии и КУДР.

например:
дебет банковский счет\кредит покупатель - 2000
дебет контрагент-банк \кредит банковский счет - 100

а раз УСН нужно вручную еще и записи в КУДИР добавлять?

нЭт, кажись..
настройки если есть - то все должно быть ок.

(3) какие настройки)

Если вы начислили услугу на 2000р, а на ваш р/сч от данного клиента поступило 1900, значит он не доплатил вам 100р. Сколько с него берет банк за услуги перечисления денег вас не касается.
  А для УСН должны произойти два события 1) Начисление услуги 2)Поступление денег на р/с или в кассу, тогда это будет счтаться доходом для УСН. (Настройки для УСН см. в Предприятие/учетная политика)
  Далее, Если на р/сч поступило 2000, а банк, согласно договора снял с вашего р/сч 100 банковским ордером. Тогда док. "Списание с расчетного счета" с видом операции "Прочее списание" Счет дебета 91.02, Прочие доходы и расходы - "Расходы на услуги банков". Будет считаться расходом для УСН.

2 й вариант, но
Выписки электронные приходят уже не на 2000, а на 1900 и в бумажном варианте написанно, что 100 снято по договору.

буха нет у вас ?

есть, пускай руками бьет?

Поступление с видом операции "прочие", становится активной кнопка "КУДиР", там можно указать принимаемые и не принимаемые.

Да все это реализовано через жеппу, у нас розничная торговля, и оплата платежными картами. покупатели оплачивают карточками, потом банк перечисляет нам деньги и так же забирает комиссию. Отражаем все это отчетами о розничных продажах, заполняем вкладку "Оплата платежными картами", там указываем договор эквайринга и процент комиссии, так в движениях по регистрам в стоимость продажи попадает сумма за минусом комиссии(вот накуа?), потом если возврат делаем, то в возврат тоже проставляется сумма меньше реальной продажной на процент комиссии. В общем дебилизм да и только.