Как в 1с запросе отобрать убрать кавычки внутри поля?

а зачем?

а никак )

ВЫБРАТЬ
   Заменить(Контрагенты.Наименование,","")
ИЗ
   Справочник.Контрагенты КАК Контрагенты

(2) надо отловить контрагентов с одинаковыми наименованиями, отличаются тока кавычками

зачем?

(4) блин, так ты знаешь как!!!

я думаю, что потом они будут отличаться "только запятыми", "только пробелами", "только заглавными буквами" и т.д.

Нечеткий поиск дублей или поиск дублей по похожим строкам тебе нужен?

(9) да

(10) В запросе 1с такое сделать невозможно без мегасложных извращений или дополнительных изменений структуры таблиц.

пришлось написать пару строк
табл=Новый ТаблицаЗначений;
   табл.Колонки.Добавить("т");
   табл.Колонки.Добавить("Наим");
   табл.Колонки.Добавить("Инн");
   табл.Колонки.Добавить("Кпп");
   
   
   контр=Справочники.Контрагенты.Выбрать();
       
   Пока контр.Следующий()    цикл
   строка=табл.Добавить();
   строка.т=1;
   строка.Наим=СтрЗаменить(контр.Наименование,"""","");
   строка.инн=контр.инн;
   строка.кпп=контр.кпп;
   КонецЦикла;    
   
   табл.Свернуть("Наим,инн,кпп","т");
//    табл.Сортировать("т");
   табл.Сортировать("Наим");

   Для каждого ттт из табл цикл
       Если ттт.т>1 тогда
       Сообщить(""+ттт.Наим);    
       КонецЕсли;
   КонецЦикла;

   кккк=0;