Есть запрос по товарам и отбор
Товары.Ссылка В ИЕРАРХИИ(&ВыбТовары)
В список передаю одну группу, а в результат попадают все группы, хотя они соседние к той которая, содержится в списке и никаким боком к ней не относятся ни родители никак.

Какой список? Как ты его заполняешь покажи

Агент=Параметры.Агент.Ссылка;
    Если Агент.Товары.Количество()>0 Тогда
        Для Каждого СтрокаТовар Из Агент.Товары Цикл
            Сообщить(СтрокаТовар.Товар.Ссылка);
            ВыбТовары.Добавить(СтрокаТовар.Товар.Ссылка);
        КонецЦикла;    
    КонецЕсли;

(0) Может &ВыбТовары по факту пустой?

В табличной части выбрана одна группа

(3) нет размерсписка=1

Сообщить(ВыбТовары.Количество()); дает 1

Запрос покажи

Вообще как-то странно когда я передавал туда пустой список, тоже вылазили все группы без элементов, а сейчас когда он непустой вылазят все группы без элементов, а в искомой элементы есть. Там по запросу есть еще левые соединения, но по идее они не должны мешать

(7)
ВЫБРАТЬ
    Товары.Ссылка КАК Ссылка,
    Товары.Родитель,
    Товары.ЭтоГруппа,
    Товары.Код,
    Товары.Наименование,
    Товары.ШтрихКод,
    Товары.Представление,
    ЗапросОстатков.Остаток,
    ЕСТЬNULL(ЗапросЦены.Цена, ЗапросОсновнойЦены.Цена) КАК Цена,
    ЕСТЬNULL(ЗапросЦены.МинЦена, ЗапросОсновнойЦены.МинЦена) КАК МинЦена
ИЗ
    Справочник.Товары КАК Товары
        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ (ВЫБРАТЬ
            Остатки.Остаток КАК Остаток,
            Остатки.Номенклатура КАК Номенклатура
        ИЗ
            РегистрСведений.Остатки КАК Остатки
        ГДЕ
            Остатки.Склад = &Склад
            И Остатки.Остаток > 0) КАК ЗапросОстатков
        ПО Товары.Ссылка = ЗапросОстатков.Номенклатура.Ссылка
        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ (ВЫБРАТЬ
            Цены.Товар.Ссылка КАК ТоварСсылка,
            Цены.Прайс.Ссылка КАК ПрайсСсылка,
            Цены.Цена КАК Цена,
            Цены.МинЦена КАК МинЦена
        ИЗ
            РегистрСведений.Цены КАК Цены
        ГДЕ
            Цены.Прайс.Ссылка = &Прайс) КАК ЗапросЦены
        ПО Товары.Ссылка = ЗапросЦены.ТоварСсылка.Ссылка
        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ (ВЫБРАТЬ
            Цены.Товар.Ссылка КАК ТоварСсылка,
            Цены.Прайс.Ссылка КАК ПрайсСсылка,
            Цены.Цена КАК Цена,
            Цены.МинЦена КАК МинЦена
        ИЗ
            РегистрСведений.Цены КАК Цены
        ГДЕ
            Цены.Прайс.Ссылка = &ОсновнойПрайс) КАК ЗапросОсновнойЦены
        ПО Товары.Ссылка = ЗапросОсновнойЦены.ТоварСсылка.Ссылка
ГДЕ
    Товары.ПометкаУдаления = ЛОЖЬ
    И Товары.Ссылка В ИЕРАРХИИ(&ВыбТовары)

(8) Это Динамический список что-ли?

&ВыбТовары  список с одним элементом, который = ПутаяСсылка()

да

(6) это не говорит от том, что значение в этом списке не может быть = пустой ссылке

(12) тогда дело не в Запросе

Сообщить(ВыбТовары[0]);
сообщает группу товаров

(12) в иерархии у пустой ссылки будут все элементы справочника

(15) Дин список всегда отображает все группы

(17) и настроить никак нельзя?

(18) Можно попробовать дерево сформировать, а не динамический список.