Имеем Бух 2.0.64, конфигурация на поддержке с возможностью изменений. Самих изменений считай что нет.
Обновляем на 3.0
При сравнении выдает окошко с сообщением что есть неразрешимые ссылки на объекты. Снял галочки с этих объектов и объединил повторно, опять выдало тоже самое на другие объекты. Так несколько итераций и объединилось. При реструктуризации вылезло много ошибок (некоторые из них ниже):
ОбщаяКартинка.СтатусыДокументовНалоговыхОрганов: Дублирование имени объекта метаданных:
Справочник.Организации.Форма.ФормаСписка: Дублирование имени объекта метаданных:
Справочник.Организации.Форма.ФормаВыбора: Дублирование имени объекта метаданных:

Насколько я понял проблему, при объединении некоторые объекты моей конфы не сопоставились с объектами из обновления, когда я снял галки, эти объекты из обновления добавились к моей конфе, а старые не удалились, теперь их по два одинаковых.
Почему так получилось и что с этим делать?

(0) >> а старые не удалились, теперь их по два одинаковых.

надо было галку поставить "удалить в основной конфиге" при сравненииобъекд

а галки с объектов нужно снимать или оставить?

(2) оставить на тех которые хочешь удалить, да

Если дописки не нужны, попробуй загрузить конфигурацию из файла.

галка на удаление стояла, дело не в ней.
Проблема в том, что некоторые объекты при сравнении не сопоставились почему-то, например Отчет.РегламентированныйОтчетКосвенныеНалогиТамСоюз
он есть и в старой и в новой, но при объединении они не сопоставляются
http://joxi.ru/52aN98os5ByqA0
http://joxi.ru/MAj7DGWiqEy6re

можно ли их вручную сопоставить?

если нет, то как быть с задвоением объектов?

(5) Да удали этот отчет из конфигурации и дело с концом. :)

ну отчет я положим удалю, а как быть с регистром сведений? :)

(9) а он тебе нужен? при обновлении нетиповые регистры все равно не перезаполнятся