Здравствуйте я настроил встроеный двусторонний обмен, при выгрузке из платежей в УТ не проставляется ни объект расчетов ни основание платежа подскажите пожалуйста в чем причина может быть.

Причина в том, что ты не прочитал html-описание по совместному использованию УТ и БП

Имеете ввиду пункт что реализации не выгружаются?

Нет, Я бы задумался о более общей фразе: "Сценарий совместной работы предусматривает то, что денежные операции, связанные с торговлей, оформляются на стороне конфигурации Управление торговлей, все остальные денежные операции могут оформляться в обеих конфигурациях.

Это связано с тем, что функционал конфигурации Управление торговлей более полноценен в области планирования и учета оплат по торговым операциям, чем функционал конфигурации Бухгалтерия предприятия."

В этом случае появляется префикс УТ в части платежных документов, а это не устраивает нашего финдира

"это не устраивает нашего финдира" // Почему? (открываю попкорн)

да все просто утверждает что нумерацию кассовых документов нарушать нельзя.

(6) делайте раз в месяц перенумерацию документов

(7) ага, и перепечатывать РКО? :)
(6) докопайся до сути

(6) возьмите за правило кассу вести в УТ, но не в БП

Вообщем переговорил с финдиром оказалось что можно изменить нумерацию но со следующего года вопрос в том что делать сейчас?

"вопрос в том что делать сейчас?" // по поводу чего?

как автоматизировать установку основания платежа или объекта расчетов

Я на твоем месте смотрел бы в сторону изучения / модификации ПОД (правил обмена данными)