Есть промышленное здание 3 этажа. 2 этажа работают, один на консервации. Как начислять амортизацию на какую то часть Основного средства(на 2 этажа), а 3-й этаж что бы был на консервации ???

Никак

https://www.glavbukh.ru/hl/140759-chastichnaya-konservatsiya-osnovnogo-sredstva

Документом "Установить параметры аммортизации ОС". Сделайть или срок больше или сумму меньше, но это извращение. У нас каждая комната в здании является ОС, и само здание тоже ОС (но без комнат).
А в целом ещё те извращения.

(2) В целом это нарушение методологии.

(0) Это кто такой гениальный придумал? Вместо того, чтобы относить это за затраты и уменьшать базу по налогу прибыль, решили спонсировать бюджет?

Всем спасибо.

(3) Вышестоящая организация выделяет деньги на ремонт 3-го этажа и дальнейший пуск линий на нем. для этого ОС должно быть законсервирована.
но 2 этажа та работают ....

(5) ПБУ не предполагает консервации части ОС. И вообще какие-либо действия с частью ОС. И для ремонта не нужна консервация.

(5) я бы разукомплектовала здание на части.
а потом уже консервировала один этаж.

(7) Формально ПБУ не предполагает и такой операции. Но в этой части народ извращается как может. Кто списывает оприходует, кто еще как извращается.

(3) у (0) абсолютно корректные действия.
пока 3 этаж на ремонте, он не участвует в создании продукции, поэтому амортизация будет как необоснованные затраты.

(9) ПБУ считает ОС единым объектом. Неделимым. Нельзя часть его использовать, а часть не использовать.

(6) " И для ремонта не нужна консервация. "  Наш главный бухгалтер считает иначе.

(11) Неважно как считает ваш бухгалтер. Важно как считает ПБУ и НК. Более того, ремонт законсервированного ОС наоборот может привести к боданию с не в меру ретивыми налоговиками в части признания затрат на ремонт в составе расходов. Особенно если они не отнесены на внереализационные, а включены в расходы по обычным видам деятельности.

(11)[Наш главный бухгалтер считает иначе]
обзаведись собственным мнением

(12) есть другое мнение)
https://www.glavbukh.ru/hl/57745-remont-i-raskonservatsiya-osnovnogo-sredstva
Организация может проводить ремонт основных средств, находящихся на консервации.
Расходы на ремонт законсервированного основного средства являются экономически обоснованными и могут быть учтены при расчете налога на прибыль в составе внереализационных расходов.

совершенно нормальная практика-законсервировать на полгода, чтобы провести долгосрочный ремонт