Стоит настройка "Не регистрировать счета-фактуры на авансы, зачтенные до конца налогового периода".
Тем не менее, счета фактуры на авансы регистрируются даже если аванс 7 секунд назад.

Куда копать?

(0) Какая разница сколько секунд назад, аванс зачтен?

галочка осталась с прошлых времен, а логика работы шагнула вслед за законодательством, пришел аванс, регистрируется сф

(0) Релиз?
Проверьте договор - там может быть своя настройка регистрации АвСФ.
А мартовская обработка регистрации СФ нормально не видит аванс? Только следующий квартал краснит?
А если отгрузку временно сделать 12-ым числом?

(2) Не нашёл таких изменений в законодательстве.

Смотрю, например, такую статью на ИТС:
https://its.1c.ru/db/answerstax/content/5112/hdoc

(4) там же первый абзац все говорит
Выставление счетов-фактур на аванс один раз в конце квартала не соответствует НК РФ

Там же:
"по мнению Минфина России, если получение предоплаты и отгрузка товаров (выполнение работ, оказание услуг) в счет этой предварительной оплаты (частичной оплаты) произошли в одном налоговом периоде, а временной интервал между ними не превысил 5 календарных дней, то счета-фактуры по предварительной оплате (частичной оплате) можно не выставлять"

готовят к тому, чтобы платить НДС каждый день?

(6) Не то смОтрите. Для УСН+НДС второй год действует индульгенция: Письмо ФНС России от 30.12.2025 N СД-4-3/11836@ "О направлении Методических рекомендаций по НДС для УСН 2026"

Ваш пункт 13.
Обратите внимание!
Если получен аванс и планируется отгрузка в счет этого аванса в одном и том же квартале, то допустимо составление счета-фактуры и исчисление НДС только при отгрузке. С авансов НДС уже не исчисляется, и счет-фактура при его получении не выставляется.

Станислав, Вы на вопросы #3 собираетесь отвечать или как?

(3) Безусловно, Геннадий, с моей стороны было бы невежливо ещё оставить топик без окончания, при любом раскладе.

Релиз:
Бухгалтерия предприятия (базовая), редакция 3.0 (3.0.201.16). Выпущена 02 июля 2026.

Проверьте договор - там может быть своя настройка регистрации АвСФ.  
Действительно, есть. Но там то же самое: Не регистрировать счета-фактуры на авансы, зачтенные до конца налогового периода

А мартовская обработка регистрации СФ нормально не видит аванс? Только следующий квартал краснит?
В мартовскую тоже попадает счёт-фактура на аванс.

А если отгрузку временно сделать 12-ым числом?
Не помогло.

Ещё я:
- перепровёл платежи и реализации;
- проверил что движения не исправлены вручную.

(9) Ключевое здесь то, что и в 1кв заполняет строчки закрытого аванса.
В отладчик.
Скорее всего индульгенцию разработчики не стали кодить.

(10) У людей не так много оборотов, чтобы я на полдня в отладчике засел.
Попробую в 1С написать. Если они не подскажут - бухгалтера просто не будут регистрировать лишние счета-фактуры на аванс.

Всем спасибо.
Если придёт решение - напишу.

(11) Люди будут мучиться и каждый квартал вручную удалять красные строки.

Глянул код. Там минут за 5 можно разобраться. Откройте модуль менеджера обработки РегистрацияСчетовФактурНаАванс и там поставьте останов внутри Процедура ЗаполнитьСуммыАвансов

Гляньте - почему не заходит в музыкальную фразу
ТаблицаАвансов.Удалить(ТекущаяСтрока);