При заполнении и расчета документа ЗП - расчитывается 3, 40 и 41 виды.
Но Прочие удержания по заполняется, но не расчитывается -
086 (087) Удержание по исп. листу процентом: Не определены базовые начисления
Что такое может быть?

(0) Оно не понимает, процентом от каких начислений нужно делать удержание

(0) Открой "Удержание по исп. листу процентом" и посмотри расчетную базу, ну и проверь были ли начисления по ней.