В БП учет ведут по 2м подразделениям, в ЗИК дробят эти подразделения на субподразделения. В БП после загрузки проводок не закрывается месяц (нет выпуска по субподразделениям).

Возможно ли чтобы в выгрузке из ЗИК он подставлял только 2 основных подразделения?
Есть ли штатная возможность это сделать ?
Может какой другой способ посоветуете ?

Пробовал в ЗИК создать группу для подразделений - туда поместил все субподразделения, очистил у них все ШП и прописал их в группе - не берет подразделение - группу.

Либо код в модуле выгрузки,либо можно попробовать так:
Добавить в Зике 2 подразделения с таким же наименованием и кодом как в БП, если у техподразделений ,что были, коды совпадут с новыми то поменять коды у старых.
Эти 2 подразделения привязать в шаблонах проводках.
Не очень красиво,но должно работать.

Я не уверен что он делает синхронизацию по кодам - анализировал уже созданные подразделения в БП они имеют коды не из зик

(3) а по наименованию?

(3) установи КД, загрузи туда правила обмена...

Ок. С КД еще плотно не работал - видимо придется разбираться.