Уже несколько раз сталкиваюсь с данным глюком. По значку "!" версия конфигурации одна, а в настройках поддержки другая отсюда невозможность обновить конфигурацию. Как лечить?
(6) есть подозрение что используются временные файлы. Я часто балуюсь обновлением сразу нескольких конфигураций одновременно, может они пересекаются. С проблемой очистки кэша сталкиваюсь регулярно