Добавили второй р/сч. Первый свои комиссии присылает в виде ордеров, которые не портили картину исходящих платежек, второй же - в виде платежек. Итого при загрузке от второго банка получаем входящие номера порядка 00020000000, в то время как текущая нумерация порядка 00000004550.
Убрать присвоение номера по номеру из банка?
не наткнусь на что-нить в последующем?

В клиент банке прописать назначения вида документа "Ордер" по каким-либо условиям комиссии (текст платежа и т.п.).

(1) попробую..
думал - может чего галками настроить можно будет )

Чем тебя не устраивают входящие номера банка?

(2)
Лучше всего сделать предобработку текстового файла выгрузки из клиент-банка при его выборе в 1С.
Т.е. в модуле добавится одна процедура и один вызов этой процедуры.

(3)
Банк списывает комиссию, отмечает  документ как платежку и в 1С она загружается как ПлатежноеПоручениеИсходящее.

(3) да как бе всем...

подумалось попробовать таки отменить присвоение банковского номера, пусть идет нумерация автоматом

конфа какая??
грузите в КБ потом обратно или только из КБ?