Может быть ситуация, что одна и та же номенклатура висит на разных субсчетах.
Как можно запросом выявить такие позиции?

нужно вставить твой запрос в консоль запросов и выполнить его

Сгруппировать.

Сгруппировать по субконто номенклатура?

ВЫБРАТЬ
   ХозрасчетныйОстатки.Счет,
   ХозрасчетныйОстатки.Субконто1
ИЗ
   РегистрБухгалтерии.Хозрасчетный.Остатки(&КонГраница, Счет В ИЕРАРХИИ (&Счет), , Субконто1 = &Субконто) КАК ХозрасчетныйОстатки

Пробую найти остатки по 10 счету. Только я тупо перебором справочника

и да, здесь выводит один субсчет