Как в СКД сделать например так: Есть поле выбора, и в зависимости от него в запросе будет устанавливаться то или иное условие. В СКД это можно просто сделать, или проще забить и сделать отчет по старинке?

про параметры слышал?

Про параметры да, но поле выбора - это список значений с двумя значениями. Как в параметры список значений запихать? да еще и значениями заполнить?

(2) пара циклов и пара условий... почитай СП на предмет программной работы с СКД

вот и я так подумал, что только обращением через код можно

тогда какой смысл городить огород, если можно просто все в коде сделать, через стандартный конструктор отчета

(2) Открой любой отчет по производству из УПП или КА, посмотри как реализован выбор единиц измерения в отчет. Все в параметрах, без кода.

Можно и без кода, у параметров можно задавать список значений

(7) как?

посмотрел "Карточку счета" в бух-ии, отборы задаются в форме, и уже потом пихаются в СКД, но я не понял, почему запрос в СКД ажно 2500 строк кода, раньше вроде более скромным количеством обходились.

загляни в УТ11, типовые отчеты