Работаю с Бизнес-процессами, но суть не в этом. Вношу изменения, сохраняю конфигурацию в файл, загружаю ее на другую копию базы, внесенные изменения проподают. При этом у меня накопилась уже целая коллекция бекапов(*.cf), и логики в них никакой, где-то не сохраняется точка маршрута, где, то вообще все... Каждый раз переделывать, желания никакого, тем более скоро переносить на живую базу. В чем может быть проблема.

в кэше на компе. почисти.
у меня пропадали изменения под одним пользователем, а под другим нет.