8.2.13.219. В качестве источника данных - запрос к виртуальной таблицей остатков и оборотов регистра накопления. После последней группировки - детальные записи, выбранными полями которой являются регистратор, нач., кон. остатки, прих. и расх. Всё хорошо с нач. и кон. остатками, если в режиме предприятия настройки, выставленные в конфигураторе не меняются, Если всё же возникает желание перетащить детальные записи группировкой выше, остатки становятся неправильными. Может кто-нибудь сталкивался с подобным?

нехорошее желание, смысл которого не понятен

(1) Пользователь хочет видеть не все данные, а только по некоторым группировкам, но с детальными записями (регистраторами).

Как я понял у тебя не получится т.к. на и кон остатки рассчитаются относительно детальных записей( так автоматом настраиваются роли для полей).
А если у тебя детальная запись станет выше группировки - получается фигня которую ты и видишь.
Поюзай что такой роли полей/ресурсов и как они работают - поймешь.

(0) Если понял смысл, то попробуй наложить нужный отбор на группировки (не на весь отчет).

Оставил в запросе только то, что есть в группировках, проверил, что у всех группировок в Роли стоит "Измерение" и ВСЁ ЗАРАБОТАЛО.

(5+) Нет, соответствие запроса и группировок здесь не при чём. Скорее всего дело было в том, что у одной из группировок отсутствовала роль "Измерение".