После обновления конфигурации до 1.2.4.3, не видятся остатки по запасам (товарам).
Что это может быть? Куда копать?

Платформа 1С:Предприятие 8.2 (8.2.14.540).
Конфигурация: "Бухгалтерия для Украины", редакция 1.2. (1.2.4.3).

записи в регистрах имеются?

В каких именно регистрах?

А как остатки смотришь?

(3)При проведении накладной Реализация товаров и услуг - в окне служебных сообщений выскакивает:
<<<
Бухгалтерский учет. Строка :1
Не достаточно 1 шт товара ТОВАР1 (код згідно з УКТЗЕД 6602000000), счет учета 281 , налог. назначение: Опод. ПДВ
>>>

Хотя если не проводить обновление конфигурации - проводятся расходные нормально.
В остатках(остатки и обороты) все есть до и после обновления.