Проблема вот в чем:
В центральной базе добавили в документ "Реализация товаров и услуг" дополнительные строки в таблицу с товарами.
Выгрузили в периферийную, в которой был этот документ - документ не изменился. Сколько было строк, столько и осталось.
Причем, при обмене данными не попали во вторую филиальную базу документы из первой.
Куда копать-то?

опробуй перезаписать док и еще раз отправить в обмен

(1) - попробую.
я еще попросил пользователей в филиалах перепровести свои документы за этот год.
а вот еще вопрос - нужно ли сначала зарегистрировать изменения по узлам для начала?

(2)лучше все в центре делать

(3) - так и в центр не все доки из филиала попали.
не знаю почему

Документы попадают только после регистрации для обмена.
После включения обмена, ранее сделанные документы сами не начнут прыгать в другую базу.
По документам которые не переносятся проверь сидят ли они в зарегистрированных для обмена. Затем глянь выгрузились ли эти файлы в файл.

(5) - перепровел документы в филиальной базе, все они попали в центральную.
млин. руки бы юзверям пообрывать за криворукость