Обработкой MD82Exp.epf выгружаешь описание структуры метаданных бухгалтерии.
В документе СчетФактураВыданный помечаешь на удаление ПКС "ВидСчетФактуры", и ПКО "ВидыСчетФактур".
Удаляешь помеченные объекты.
В ПКО Заново создаешь ПКС "ВидСчетФактуры", при создании нажимаешь новое правило, генерируешь новое правило.
Проблема в том, что в БП теперь вместо перечисления НДСВидСчетаФактуры есть перечисление НДСВидСчетаФактурыВыданной.