Доброй ночи,
в непериодическом независимом регистре сведений содержатся записи.

при попытке подсчитать количество:
РегистрыСведений.УчетВремени.СоздатьНаборЗаписей().Количество()
получаю 0.
что сделать, чтобы подсчитать?

нужно прочитать набор и тогда смотреть количество

по твоему коду создан пустой набор и естественно что количество равно 0

следующая проблема...
Создаю набор записи, делаю отбор, после чего хочу удалить отобранные записи:
НаборЗаписей.Записать();
НаборЗаписей.Прочитать();

не удаляется

Также пытаюсь удалить запись по индексу, не удаляется

сначала прочитала, потом удаляешь через записать?

(3) топорно так
   НаборЗаписей = РегистрыСведений.ШтатноеРасписаниеОрганизаций.Выбрать();
       
   Пока НаборЗаписей.Следующий() Цикл
       Если НаборЗаписей.Период < Дата("20120109") Тогда
           НаборЗаписей.ПолучитьМенеджерЗаписи().Удалить();
       КонецЕсли;
   КонецЦикла;

если удалять полностью, то
создаешь набор записей, пишешь набор записей(пустой). читать не надо

Регистр=РегистрыСведений.АналитикаУчетаПартий;
   НаборЗаписей=Регистр.СоздатьНаборЗаписей();
   НаборЗаписей.Отбор.ФизЛицо.Установить(ФЛ);
   НаборЗаписей.Записать();
   
Вот из обработки кусок кода.