Не закрывается на сумму 20% от дебетового оборота 96 счета.

На 96 счете по БУ 10000р.
              ВР 10000р.

Закрытие месяца делает проводку Дт 68.04.2 Кт 09 на сумму 2000р которою не закрывает на 68.04.1.

Если на 96 ВР поменять на НУ все закрывается.

Что может быть не так?

Должен ли всегда закрываться 68.04.2 счет?

это ж налог на прибыль

(1) странный вопрос,
а как иначе сойдутся декларация и отчёт о прибылях и убытках

посмотри
http://forum.klerk.ru/archive/index.php/t-215697.html

там на 09 на крайняк предлагают закрыть

Это неправильно, должен закрываться. Ручное закрытие в конечном итоге скорее всего будет вылезать в следующих месяцах и тянуться до конца года.
Проверить полную оборотку по контролю.

Иногда бывает, что контроль вылазит на каком-нибудь 76 счете, который по идее к налогу на прибыль никакого отношения не имеет, но счету 68.04.2 закрыться не дает.

да,похоже, ТС уже разобрался
или его разобрали