1С:Предприятие 8.2 (8.2.15.294) - платформа.
Отчет 4ФСС выдает не те данные по оплаченным дням.
Ноги растут из РегистрРасчета.БУОсновныеНачисления.ФактическийПериодДействия
Если БЛ переходящий -> несколько записей Оплата БЛ за каждый месяц. А в РегистрРасчета.БУОсновныеНачисления.ФактическийПериодДействия берутся данные только по последнему периоду.

Кто то сталкивался с этим?

Вряд ли!
Как выяснилось база нетиповая.

В типовой тоже такая ситуация.
Но есть подробности:
Первоначально сотруднику завели документ Табель, в котором указали дни невыходов по причине болезни.
И теперь по документу БЛ не проставляется ФактическийПериодДействия совпадающий с документом ТАБЕЛЬ