Чет не правельно делаю:

БазаКонтрагент = СоздатьОбъект("Справочник.Контрагенты");
СпрМенеджеры   = СоздатьОбъект("Справочник.Менеджеры");

Пока ТабКонтрагенты.ПолучитьСтроку()=1 Цикл
   Код1С = ТабКонтрагенты.Ид;    
   Если БазаКонтрагент.НайтиПоКоду(Код1С) = 1 Тогда
       Если СпрМенеджеры.НайтиПоКоду("О0112") = 1 Тогда
           Если БазаКонтрагент.ВыбратьЭлементы() = 1 Тогда
           БазаКонтрагент.Менеджер = СпрМенеджеры.ТекущийЭлемент();
           БазаКонтрагент.Записать();                  
       КонецЕсли;
       КонецЕсли;

Если БазаКонтрагент.ВыбратьЭлементы() = 1 Тогда
А это зачем?

убрать код
Если БазаКонтрагент.ВыбратьЭлементы() = 1 Тогда
           БазаКонтрагент.Менеджер = СпрМенеджеры.ТекущийЭлемент();
           БазаКонтрагент.Записать();                  
КонецЕсли;
.
оставить
          БазаКонтрагент.Менеджер = СпрМенеджеры.ТекущийЭлемент();
           БазаКонтрагент.Записать();

(1)вот это да,вкурил под вечер