Различными способами пробую прекратить начисление (кадровое изменение, док. ввод сведений о плановых начислениях, ввод постоянного начисления или удержания) но оно появляется "начислении зарплаты". Глюк?

Посмотри регистр ПлановыеНачисленияРаботниковОрганизаций

(0) не верю :)!

(1) и что? запись в регистре есть. а в документ расчета з/п все равно попадает прекращенное начисление.

(3) попробуй проверит, один и тот же-ли сотрудник указан в документах..., проверь даты, год, все перепроверь, такого не может быть!

версия?

(0) Надбавки по штатному есть?

+(6) и что в карточке сотрудника на вкладке "начисления"

(0) видимо (4). Скорее всего разные сотры.

да, (6) это тоже надо проверить!

а никто там из юзеров не добавляет, как только ты удалишь

+ какой-ть нештатной кулибинской обработкой