Что-то не могу найди нормальную доку...
Господа, у кого гугль-фу лучше моего?

не понял, накой их несколько? или чего надобно?

Может быть их много, и что?
При обновлении для сравнения берется та, которая совпадает по поставщику.

то есть сделать так что бы в конфигурации было бы 2 конфигурации поставщика нельзя? То есть например типовая УТ 10.3 и мои доработки. И что бы обновлять можно было по отдельности? УТ своим cfu, а мои изменения своим cfu?

Можно хоть 5.
По отдельности нельзя - если пересекаются объекты.

а как бы тогда выкрутиться если пересекаются?
Если я свои изменения объявлю как новоую конфигурацию поставщика, то потеряю возможность обновлять УТ по cfu?

Обычно 2+ конфигурации у разработчика, у себя обновляешь типовую УТ+ правишь доработки если нужно, а клиенту ставишь уже свою конфигурацию поставщика, одну.
И cfu уже под свою конфигурацию.

(7) вот что-то не догоняю. Смотри - беру УТ. меняю. Говорю что это теперь НоваяУТ вер 0.0.1
отдаю поставку клиенту. Выходит новая УТ. мне надо у себя обновиться. Но ведь конфа то теперь у меня не УТ а НоваяУТ. Разме можно будет накатить изменения от УТ через поддержку?

В поддержке у тебя должна остаться УТ. (Конфигурация-подержка...)

Да, можно накатить, как на обычную измененную конфигурацию.