На базе Бухгалтерии 1.6.3.2 было сделана своя конфигурация - в модуль формы одно из обработок был добавлен такой код:
Если Док.Контрагент.ЮрФизЛицо = Перечисления.ЮрФизЛицо.ФизЛицо Тогда
       Если Организация.Префикс = "ЮТК" Тогда
           Док.УстановитьНовыйНомер("ЮФЛ");
       Иначе
           Док.УстановитьНовыйНомер("ФЛ");
       КонецЕсли;
   Иначе
       Док.УстановитьНовыйНомер(Док.Организация.Префикс);
   КонецЕсли;
То есть если префикс организации ГТ - у документа ставился префикс ФЛ.
Сейчас же после обновления Бухгалтерии до 1.6.24.7
В том же куске кода
после Иначе
   Док.УстановитьНовыйНомер("ФЛ");
Переходит не на КонецЕсли; а на
Процедура ПриУстановкеНовогоНомераДокумента(Источник, СтандартнаяОбработка, Префикс) Экспорт
   
   ДобавитьПрефиксОрганизации(Источник, Префикс);
   ДобавитьПрефиксУзла(Префикс);    
   
Конецпроцедуры
Может ктонибудь объяснить? А то уже второй день бьюсь никак ничего не придет в голову

ДокументОбъект.<Имя документа> (DocumentObject.<Имя документа>)
ПриУстановкеНовогоНомера (OnSetNewNumber)
Синтаксис:
ПриУстановкеНовогоНомера(<Стандартная обработка>, <Префикс>)
Параметры:
<Стандартная обработка>
Тип: Булево. В данный параметр передается признак выполнения стандартной (системной) обработки события. Если в теле процедуры-обработчика установить данному параметру значение Ложь, стандартная генерация нового номера производиться не будет.
Значение по умолчанию: Истина
<Префикс>
Тип: Строка. Префикс, который будет использоваться для генерации номера. Может быть изменен в процедуре-обработчике события.
Описание:
Возникает в момент, когда выполняется установка нового номера документа.
Примечание:
Параметр <Префикс> может быть указан, если Номер имеет тип Строка.
См. также:
ДокументОбъект, метод УстановитьНовыйНомер

или тебе про подписки на события рассказать?