У группы сотрудников введена с 01.01.2012 документом "Ввод постоянного начисления или удержания" надбавка в размере определенного процента от оклада.

Далее, в июле одному из сотрудников эту надбавку убрали (сроком на июль), введен документ "Ввод постоянного начисления или удержания" с пунктом "Прекратить начисление" и дата с 01.7.2012 по 31.07.2012. При расчете же зарплаты в августе 2012 эта надбавка не попадает у этого сотрудника.

В чём может быть проблема? Почему месяное прекращение распространяется и на август?

Прекратить - это навсегда.
Поэтому Ввод сведений о плановых начислениях и не дает вводить дату По... в этом случае.

(0) Что значит? " эту надбавку убрали (сроком на июль)"

Легче в доке "нач. зп"  в этом месяце убрать строчку с этим начислением.

(1) То есть новым документом надо начинать? Подозревал, но смущало наличие пункта "По"...

(3) Там расчетчица по 20 раз заполняет начисление з.п., поэтому проще было создать документ прекращения.

это да