сделал перенос из ЗиК в ЗУП. В ЗиК нет конечного сальда в ЗУП оно есть как его убрать в ЗУП? Какой регистр проверить?

Выплатить

но это повлияет на свод по выплаченное ЗП

(0) на сальдо влияют "взаиморасчеты сотрудников" и "НДФЛ к зачету"

НДФЛ к зачету пустой по этой фамилии
взаиморасчеты сотрудников пустой
взаиморасчеты сотрудников организации не хватает этой суммы, как добавить ее в НДФЛ?

или лучше выплатить их и все? на отчетность в ПФР и НДФЛ это в 2012 году не повлияет

Проверяйте перенос, где-то в нем у вас неточные данные, раз в ЗиК нет хвоста, а в ЗуП есть.
Какое сальдо осталось во "Взаиморасчетах сотрудников организаций" положительное или отрицательное?

положительное

если хирургически - на известном ресурсе есть обработка по корректировке регистра накопления, мне не раз помогала
если терапевтически - зырь, откуда сальдо  тянеццо

(7) Раз так, значит появилась задолженность предприятия перед сотрудником. НДФЛ, скорее всего, не при чем. Ищите неправильный перенос задолженности. Можно, конечно, скорректировать регистр "Корректировкой регистров", но правильнее вначале понять "откуда растут ноги", ибо это может быть не единственный сотрудник с такой проблемой.