Кто пользуется стандартной обработкой для обмена с сайтом, как вы выгружаете единицы измерения? может что в обработке допиливать нужно, но странно как то что стандарная оработка не выгружает единицы измерения.
TurboConf — расширение возможностей Конфигуратора 1С