Не пойму, в конфигураторе стоит одно расписание на регламентное, в обработке "КонсольЗаданий" можно поменять и будет выполняться по другому, так? Куда записываются эти изменения? Как она вообще работает?

наверно вопрос не к консоли, а к регламентным заданиям

(0) Отлично работает. И если не будешь в нее грязными пальцАми тыкать - еще долго будет отлично работать.

(2)Я же не спросил, хорошо или плохо она работает. Мне интересен принцип.

(1) возможно так. Может быть не с той стороны подошел.

регламентное задание - шаблон просто, выполняется фоновое задание, у которого задаётся расписание и т.д.