Подскажите как правильно комментировать строки в запросе, после открытия конструктором все комментарии пропадают.

никак

зачем их комментировать, если запрос на русском языке ?

(2) иногда хочется. а то иногда такой запрос нахууевертишь, что потом через полгода час уйдет, пока вспомнишь что там к чему...

Давать временным таблицам и псевдонимам понятные имена

(2) чтоб другим можно было разобраться проще.

(4) +1 самый верный способ