Безотносительно к конфигурации, как должен работать документ Инвентаризация:
1. Заполняем документ по остаткам, вводим фактическое количество, движения делаются только по данным ТЧ документа
2. В документе указываем только фактическое количество, при проведении документ рассчитывает остатки и делает движения на основании этих данных.

(0) если очень хочется объединить в одном документе инвентаризацию, списание и оприходование, то вариант 2

но при этом нужно обязательно блокировать период