Если для справочника настроены характеристики, можно-ли в программном коде к ним как-то особо обращаться? (например через точку) или все равно делать левое соединение?

почитай мануал про эти характеристики, там по-русски чорными буквами написано, для чего они.
Вкратце - они доступны в виде реквизитов объекта только в полях компоновки.

А как в программном коде делать левое соединение?

(2) он хочет в запросе через точку получать характеристики. Видимо по наивности своей думает, что это ему что-то бы упростило