Ранее алгоритм проведения был примерно следующим:
1) Удаляются движения документа
2) Рассчитываются регистры на МоментВремени документа
3) Производится контроль отрицательных остатков
4) Формируются движения
5) Движения записываются

Сейчас алгоритм примерно такой:
1) Формируются движения
2) Движения записываются
3) В случае оперативного проведения производится проверка на отрицательные остатки указанной в документе. В случае отрицательных остатков транзакция отменяется.

Разбираю новый вариант и наткнулся на то что с момента проведения и до отката на регистре грязные данные и я их получаю в отчетах. Как с этим бороться? (Или я что не так делаю, объясните)

Блокировку не устанавливаешь.

(1) Т.е. запись в регистр идет без блокировки?

Судя по " с момента проведения и до отката на регистре грязные данные и я их получаю в отчетах" блокировки у тебя нет, о чем я в (1) и написал.

(2) БлокироватьДляИзменения на чтение можно заблокировать? И что это за блокировка будет в отчет данные не попадут? Или возможно отвалится на ожидание блокировки?

(4) Да, да, да.