Можно как то вставить структуру в дерево значений?

Сериализовать?

(0) Да,
Пока Борис = 1 По Структура.КОличество() Цикл
СтрокаДерева = ДеревоБориса.Строки.Добавить();
КонецЦикла;

(0) А что мешает?

Можно. СтрокаДерева.Х = Новый Структура("У",1);

Пока Борис = 1 По Структура.КОличество() Цикл
   СтрокаДерева = ДеревоБориса.Строки.Добавить();
   СтрокаДерева.Контрагент = СтруктураБориса.Контрагент;
   СтрокаДерева2 = СтрокаДерева1.Строки.Добавить();
   СтрокаДерева2.Номенклатура = СтруктураБориса.Номенклатура;
   СтрокаДерева2.Количество = СтруктураБориса.Количество;
КонецЦикла;

Вложенные коллекции и в 7.7 прекрасно работали.
Главное - не допустить типовую ошибку и не присвоить ссылку на одну и ту же вложенную коллекцию разным элементам родительской коллекции :)