Добавил код    

Для Каждого Тек Из Товары Цикл
       НЗСозданныеЗапчасти = РегистрыСведений.СозданныеЗапчасти.СоздатьНаборЗаписей();
       НЗСозданныеЗапчасти.Отбор.Документ.Установить(Ссылка);
       НЗСозданныеЗапчасти.Отбор.Номенклатура.Установить(Тек.Номенклатура);
       НЗСозданныеЗапчасти.Прочитать();
       НЗСозданныеЗапчасти.Очистить();
       Запись = НЗСозданныеЗапчасти.Добавить();
       Запись.Номенклатура = Тек.Номенклатура;
       Запись.Документ = Ссылка;
       Запись.СоздательЗапчасти = Тек.СоздательЗапчасти;    
       НЗСозданныеЗапчасти.Записать();
       
   КонецЦикла;
   
в ПриЗаписи() нескольких документов.
После работы в базе ТиИ стало выдавать сначала, что есть ссылки на несуществующие объекты, затем, что есть неуникальные записи. В чем может быть причина? Может быть в такой логике есть какая-то ошибка? Но по идее, если документ "не смог" записаться, транзакция откатывается, и записи тоже. т.е. ссылка всегда есть (это первое на что я грешил).
Платформа 8.1.11

(0) может измерения не отмечены как ведущие.

А что гадать то, смотри в жр историю этих битых ссылок.

(0) задано, или было задано "непоср.удаление объектов".
База распределенная?

(0)  а почему это тебя беспокоит?

(3) Ну тут как бы два варианта появления битых ссылок, а не один. Либо объект удалили, либо объект не создали. Третьего не дано.

(2) ЖР гляну
(3) Не должно быть, и сильно сомневаюсь. Но проверю.
Нераспределенная, обменов нету.
(4) Клиента беспокоит. И они (ошибки) очень быстро проявляются.
(5) Вроде да, но я не вижу причин для этого.

а измерения в регистре какие?

(7) Номенклатура и документ.

(3) Действительно непосредственное включено. Может здесь собака и порылась.