Какое значение будет у переменной Дата?
ДатаДокумента = 07.06.2013 12:00:00
Дата = КонецПериода(ДатаДокумента, День);

07.06.2013 23:59:59

ГДЕ
ПоступлениеТоваровУслугТовары.Ссылка.Дата <= КонецПериода (&ДатаДокумента, День)

Почему то в выборку не попадают документы за текущее число.
Может быть ответ 06.06.2013 23.59.59 ?

В справке написано, что день это интервал.

(0) добавь в ВЫБРАТЬ поле КонецПериода(&ДатаДокумента, День) и посмотри результат

(2) Тут криминала не вижу. Дело в чем-то другом.

может быть потому что сегодня 07.06 ??

07.06.2013 23:59:59
Правильный ответ. Значит у ошибка в чем-то другом.