Имеем набор данных с характеристиками. В качестве источника вида характеристик используется следующий запрос ВЫБРАТЬ
           КатегорииОбъектов.Ссылка,
           КатегорииОбъектов.Наименование,
           ТИП(БУЛЕВО) КАК Поле1
       ИЗ
           Справочник.КатегорииОбъектов КАК КатегорииОбъектов
       ГДЕ
           КатегорииОбъектов.НазначениеКатегории = ЗНАЧЕНИЕ(ПланВидовХарактеристик.НазначенияСвойствКатегорийОбъектов.Справочник_Номенклатура)
           И (КатегорииОбъектов.ПодразделениеКатегории = &Подразделение
                   ИЛИ КатегорииОбъектов.ПодразделениеКатегории = ЗНАЧЕНИЕ(Справочник.Подразделения.ПустаяСсылка))

В этом запросе есть параметр подразделение. Такое впечатление что СКД этот параметр передает пустым. И соответственно не запрос не возвращает все нужные категории. Как это можно обойти.

Закрыто. Все тривиально оказалось. Повторная инициализация компоновщика.

//СохранимНастройки
   Копия=КомпоновщикНастроек.ПолучитьНастройки();
   НПар=СхемаКомпоновкиДанных.Параметры.Найти("Подразделение");
   НПар.Значение=Подразделение;
   КомпоновщикНастроек.Инициализировать(Новый ИсточникДоступныхНастроекКомпоновкиДанных(СхемаКомпоновкиДанных)) ;
   //А теперь восстановим
   КомпоновщикНастроек.ЗагрузитьНастройки(Копия);