БП 2.0.49.11
При проведении "Распределение НДС косвенных расходов" происходит восстановление НДС по многим позициям.
Например:
30/06/2013 оформляется постеплуние услуг связи на сумму 4103,80 (ндс 18% - 626руб)
Д 44.01 - К 60.01 - 3477,80
Д 19.04 - К 60.01 - 626,00

Документ "Распределения НДС" от 30/06/2013 делает движение по регистру "НДС по косвенным расходам" на сумму 3477,80, ндс: 626,00
и тут дже делает движение по регистру "НДС продажи" на сумму 2213,04, ндс: 398,34 с событием "восстановление ндс"
Как понять что за НДС восстанавливается? В предыдущих кварталах такого не было.

В качестве апа. Если сформировать "отчет по распределению НДС с косвенных расходов", то у всех строк по которым идет восстановление НДС, в колонке "НДС в стоимости    включен" - пусто.

ну прочтите справку. ИТС. Восстанавливается НДС по материалам, если в прошлом квартале он был принят к вычету, а теперь материалы пошли на производство без НДС / НДС 0%.
В вашем случае похоже на один квартал (день). Проверьте ОСВ по 19.04 по этому сч-фактуре (а лучше регистр НДСпредъявленный).