Нужно как-то сделать чтобы вот эти реквизиты не выгружались при обмене:
    <Свойство Имя="{КлючПоискаВИБИсточнике}">
        <Значение>{"#",946bc5df-4474-4748-88c8-6475a2a3d688,130:8b46003048dd26a511e1a48d3941ca9d}</Значение>
    </Свойство>
    <Свойство Имя="{ИмяТипаВИБИсточнике}">
        <Значение>СправочникСсылка.Контрагенты</Значение>
    </Свойство>
    <Свойство Имя="{ИмяТипаВИБПриемнике}">
        <Значение>СправочникСсылка.усКонтрагенты</Значение>
    </Свойство>

Но как что-то понять не могу. (Правила обмена самописные)

это ведь очень нужн.реквизиты, как это хочешь избавиться :)
а что лимит на файл при обмене стоит?

(1) Мне ненужные, если их удалить руками из файла обмена то все прекрасно обменивается, а сними нет. У меня поиск по другим полям идет. Причем если выгружать обработкой "Универсальный обмен данными в формате XML" то таких реквизитов не создается. А если через обмен данными с загруженными файлами то создаются.

апну

Наверное, надо найти в коде, где они выгружаются и не выгружать их.
Ищем вызов функции ЗаписатьXML