Есть ли программы которые моделируют поведения человеческого тела. Например пользователь задает определенное движение телом, а программа показывает какие мышцы при этом движении напрягаются, а какие растягиваются.

да. они написаны на тренажерах.

да существуют, подробности в поиск

Типа хочешь кубики и думаешь как бы случайно лишнюю мышцу не качнуть?

(4) Иной раз смотришь на тренировке как какой=нибудь элемент делают. На вид просто, а сам сделать не могу. Не понятно какие мышцы там работают.
Или наоборот, помню ходил на йогу. После тренировки начинали болеть мышцы о существовании которых я даже не подозревал.

От такой программы мало проку, т.е. стоит чуть изменить хват или амплитуду движения - и уже совсем другие мышцы работают.