При выгрузке выгружает всего 1 объект, хотя их там больше. В итоге не выгружает то, что надо. В чем может быть проблема?

Миллион вариантов.
Точно прошла регистрация объектов?

Стандартный обмен идет по стандартным правилам?
Правильно настроены фильтры по узлам?

А чего надо?

Перемещения не выгружает, подскажите в каких местах смотреть?
Обмен идет по Правилам обмена, в файл которые можно сохранить.

+Кроме правил обмена.

До этого работало

Фильтры правильно настроены.
Как регистрацию объектов посмотреть?

Обработка "регистрация изменений для обмена"

А где регистрируется то, что было выгружено?

(7) Открыл обработку, там напротив документов стоит Запретить, что это значит и как это можно поменять на разрешить?

(9) Менять не надо: это признак авторегистрации объекта по событию ПриЗаписи. Для обменов как правило работают фильтры, поэтому авторегистрация запрещена.
Зарегистрируйте объекты для обмена (если в узле нет зарегистрированных, сначала справочники), посмотрите, что стоит в настройке обмена на закладке "Обмен по правилам", проведите обмен.

Получается то, что надо зарегистрировано, но выгружает лишь 1 объект.

УПС. Получается, что все что надо зарегистрировано, но выгружает лишь 1 объект.

А то, что попыток выгружено больше чем загружено, критично? Чем это может грозить? И как можно эти цифры поправить?

(13) Не критично.