Версия 2.1.7. Выгрузил документы из УТ 10.3 за актуальный период, с момента ввода остатков по текущую дату. В документах вводе начальных остатков были ссылки на помеченные на удаление документы за прошлый период, которые не выгрузились. Можно ли их как-то подтянуть по ссылкам, или придется выгружать весь период целиком, а потом ненужные документы удалять?

Если в документах ввода остатков ТОРЧАТ ссылки на те документы, то можно... Иначе все по новой...
Ну или выгружай только тот массив который загрузился не правильно

объясню по-другому. У меня ~ 100 тыс. документов за прошлый период, ~ 1 тыс. есть в виде ссылок в остатках, 99 тыс. хочу удалить. Пробую избавиться от них переносом в чистую идентичную только активный период, но у меня обрубаются все старые документы несмотря на ссылки.

(2) а всё-всё пометили для выгрузки?

(0) В обработке выгрузки снимите все галочки, период выгрузки оставьте пустым. Потом поставьте галочку на документе "ввод начальных остатков" и выгружайте их - остальные выгрузятся по ссылкам.

Также, обратите на галочку "Устанавливать период для всех объектов", она должна быть снята.

(5) ок, попробую