Если кому нужно будет - корректировкой записей регистра отрицательная сумма аналогично движениям и проводкам "Платежный ордер поступление денежных средств - прочее поступление денежных средств".
Компьютеры — прекрасное средство для решения проблем, которых до их появления не было.