первое что приходит на ум - все-таки отчет, добавленный в систему в качестве дополнительного - это не тот же отчет, который Вы открываете как внешний.
рекомендую сначала создавать варианты для уже добавленного в систему дополнительного отчета, а затем выгружать его в файл - тогда при попытке открытия этого файла (отчета) и смены варианта в списке выбора однозначно будут ранее созданные варианты.
перенести настройки из неудачно созданных вариантов в новые легко можно с помощью xml
(3) Так речь о внешнем отчете, добавленном в систему как в качестве дополнительного или об отчете, уже присутствующем в конфигурации? Мой совет касался первых случаев.
если отчет Вы создали сами как часть создаваемой Вами конфигурации, смотрите механизм привязки вариантов. Речь о доработке типовой конфы? Или мб уникальное решение на основе БСП? Справочник ВариантыОтчетов используется или ... ? дайте больше информации - тогда возможно кто-то сможет помочь