Добавил новую организацию (УСН+ЕНВД). Настройки для неё задал по аналогии с существующей такой же.  В документе Реализация ТиУ формируются заполняются счета учета доходов и расходов 90.01.1 и 90.02.1 вместо 90.01.2 и 90.02.2. Уже добавил запись в "Счета учета номенклатуры" для данной организации - всё равно не помогает. Где ещё можно настроить эти счета для реализации?

там запрос динамически формируется в .ПолучитьСчетУчетаНоменклатуры()
Отладчиком посмотри какой текст запроса генерится и в консоле ищи где собака порылась

(1) Не могу найти такую процедуру