Как сделать отчисления ФСС только для несчастного случая ?

в типовой все настроено. Чтобы проверить, откройте настройки видов расчета  - дополнительные начисления - оплата по договорам подряда - на закладке налоги и взносы должен быть вид дохода "Договоры гражданско-правового характера, не облагаемые страховыми взносами в фсс"

Не слушай (1), в зике фсс=фсснс. Модуль править в гм где строится база фсс