Кто как из 1С баз выгоняет пользователей ?  

Разница между первым пунктом и вторым: в первом случае сообщение пользователь получает внутри 1С приложения, а во втором дублируется на чат, почту, смс, и т.д.

Так же интересно как в терминальных режимах работает.

Консоль администрирования

Как правило пишу в цитрикс или рдп, что нужно выйти иначе через 5 мин. все сеансы сорву, ну и дальше п. 1.
А вообще нужно старатся организовывать обновления в не рабочеё время

Вопрос, зачем вообще нужно вышибать пользователей, чтобы добавить реквизит, похоже, не стоит. Лично у меня такое чувство, что это требование можно просто выпилить патчером, и никого ниоткуда после этого больше не выгонять.

Ночью сложно орать, особенно, когда спишь :)
Плюс перезапуск сервера 1С.

Я сам такими делами не занимаюсь. Моё дело подготовить CF-файл. А администратор базы сам всё делает средствами 1С по ночам

Типовая выгонялка из БСП/типовых. Кто работает в 1С увидит и закроет программу, остальных вышибет. (+Допилена на вывод сообщения блокировки в предупреждениях)