Документом «Прием на работу в организацию» приняли сотрудника в Организацию 1 в Подразделение 1.
В документе «Отражение зарплаты в регламентированном учете» на вкладке «Основные начисления» после нажатия кнопки «Заполнить» в колонке «Способ распределения затрат» по этому сотруднику по всем видам начисления заполняется Подразделение 2 (которое вообще принадлежит Организации 2).
(2) где-то проставлена принудительная настройка, что ЗП этого сотрудника (или подразделения, в котором сотрудник работает) относится на конкретное подразделение. Есть документ типа "настройки отражения ЗП в учете".
Есть два вида языков, одни постоянно ругают, а вторыми никто не пользуется.