НДФЛ в начислении отпуска разбивается на две строки - в одной "Подразделение организации" заполнено, в другой - нет.
Смотрю в регистр расчёта "Основные начисления сотрудников учреждений" - там поле "Подразделение везде заполнено".

Где ещё посмотреть?

Ой, туплю.
Конечно же, в регистр сведений "НДФЛ. Сведения о доходах"