Настроен типовой обмен унф с бухгалтерией 2.0. При загрузке в бухгалтерию в некоторых документах вместо контрагента стоит <Объект не найден>. В справочник контрагенты эти контрагенты не перенеслись. Есть еще несколько позиций номенклатуры, которые тоже не перенеслись. Как найти причину? Что сделать, чтобы автоматически с документами переносились контрагенты и номенклатура?

Надо в бубен дать в волшебный и все будет. Но я бы порылся в правилах.

(0) перерегистрируй справочники для обмена

(1) Посмотрел регистрацию справочников для обмена,  элементы которые не выгружаются не зарегистрированы для обмена. Правила насколько понимаю тут не причем. Из унф они не выгружаются.
(2) Как лучше перерегистрировать справочники? Не понятно, почему часть элементов справочников зарегистрирована для обмена, а часть по факту нет.

Насколько я помню, из унф контрагенты выгружаются по ссылке из договора, так что такое может быть, если вы как-то умудрились в унф указать в доках договор не того контрагента, который указан в доке.
2-й вариант - проблема с регистром "соответствие объектов"
3-й вариант - объекты были перенесены, но потом удалены, при обмене он находит запись в регистре соответствий, но самого объекта уже нет
(3) 2. В Синхронизации зайти в параметры-Состав отправляемых данных и для нужных справочников "зарегистрировать изменения"

(4) А что может быть с регистром соответствие объектов?
3-й вариант не совсем понял речь идет о том, что они были в бухгалтерии удалены? В синхронизации не могу найти состав отправляемых данных, где это в унф?